1946 m. rugsėjo 5 d. įkurta Vilniaus 15-oji pradinė mokykla.
1947
Vilniaus 15-oji pradinė mokykla (rusų mokomąja kalba) reorganizuota į 2-ąją progimnaziją.
1948
1948 m. rugsėjo 1 d. 2-oji progimnazija reorganizuota į 8-ąją rusų gimnaziją.
1949
Lietuvos TSR švietimo ministro 1949 m. rugpjūčio 30 d. įsakymu Nr. 208a gimnazija pertvarkyta į 8-ąją vidurinę mokyklą.
1999
Vilniaus miesto tarybos 1999 m. birželio 9 d. sprendimu Nr. 383 suteiktas Vilniaus Naujamiesčio vidurinės mokyklos pavadinimas.
2015
Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2015 m. balandžio 1 d. sprendimu Nr. 1-2324 Vilniaus Naujamiesčio vidurinė mokykla pertvarkyta į pagrindinę mokyklą, suteikiant jai Vilniaus Naujamiesčio mokyklos pavadinimą.
2016
Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2016 m. liepos 5 d. sprendimu Nr. 1-544 „Dėl Vilniaus Centro mokyklos reorganizavimo ir nekilnojamojo turto perdavimo“ prie Vilniaus Naujamiesčio mokyklos prijungta Vilniaus centro mokykla.